Некоторые водные пресмыкающиеся для поддержания остойчивости в воде и обеспечения плавучести приобретают дополнительные органы. Так, на теле морских черепах развиваются кили в виде выростов на панцире, у ящериц и крокодилов – разнообразные гребни. Морские змеи используют в качестве гидростатического аппарата свое легкое – оно у них необыкновенно длинное и тянется от передней части полости тела до самой клоаки (у рыб такую же роль играет плавательный пузырь).

Есть виды, которым для ныряния, наоборот, необходимо сделать свое тело более тяжелым – в качестве «грузила» они используют ... камни. Так поступают, например, упоминавшиеся уже галапагосские морские игуаны. А в желудке нильского крокодила может находиться до 5 кг камней. У прекрасных пловцов – ихтиозавров – роль стабилизатора играл высокий спинной плавник (такой же есть у современных дельфинов). Поддерживать равновесие в воде морским змеям помогает своеобразная форма тела – у их наземных родичей тело обычно заметно сужается к хвосту, а у морских змей, напротив, задняя часть тела шире и массивнее передней.

Многие из связавших свою жизнь с водой рептилий, как это ни странно, практически не плавают. Например, пресноводные черепахи, которые просто погружаются на дно и ползают по нему или затаиваются. Некоторые болотные змеи, хотя и почти не покидают воды, плавают неохотно – просто ползают на мелководье среди водной растительности в поисках корма. Однако те виды, которым приходится активно передвигаться в водной толще, обзавелись специальными «устройствами» для этого. Одни используют тот же принцип, что и большинство рыб: волнообразные изгибания тела с мощным хвостовым плавником. Такой способ передвижения широко распространен среди «водоплавающих» змей и ящериц, а также крокодилов. У этих животных тело удлиненное и гибкое, а хвост мощный, расширенный, уплощенный с боков. Ящерицы и крокодилы при плавании прижимают конечности к телу и используют их только при маневрировании. Другие виды применяют подобия гребных механизмов. Морские черепахи загребают воду передними конечностями, которые превращаются у них в мощные ласты. Неплохо плавают, перебирая всеми четырьмя лапами, «по–собачьи», некоторые мелкие пресноводные черепахи.

У многих водных пресмыкающихся между пальцами развиваются плавательные перепонки, которые делают движения конечностей в воде эффективнее. Кроме того, перепонки помогают ползать по дну и берегу: лапа не так вязнет в илистом грунте.