Еще одна проблема, с которой сталкиваются пресмыкающиеся в воде, – дыхание. Ведь у них, в отличие от рыб и многих земноводных, не осталось и следа от жабр, а плотные кожные покровы препятствуют газообмену через поверхность кожи (у земноводных такой способ дыхания играет важнейшую роль). Поскольку рептилии дышат исключительно атмосферным воздухом, они не могут слишком долго находиться под водой. Правда, благодаря большому объему легких, галапагосская морская игуана может оставаться под водой до получаса, нильский крокодил – до двух, а миссисипский аллигатор – даже до шести часов. Но так или иначе все рептилии вынуждены периодически подниматься к поверхности за порцией свежего воздуха. Некоторые облегчают себе эту задачу с помощью специальных приспособлений.

Так, у крокодилов ноздри располагаются на возвышениях на конце морды, что позволяет дышать, не высовываясь из воды. Многие черепахи, затаившись на дне в мелком месте, не всплывают подышать, а лишь поднимают к поверхности голову на необычайно длинной шее (у некоторых видов длина шеи равна длине панциря).

Очевидно, так же решали проблему дыхания вымершие гигантские водные ящеры плезиозавры (у которых конечности были преобразованы в ласты, как у морских черепах, а шея была длинная, как у жирафов). У мягкотелых водных черепах, кроме того, кончйк морды преобразован в забавный мягкий подвижный хоботок, на конце которого и располагаются ноздри. Поэтому им не приходится высовывать голову из воды – достаточно высунуть на поверхность лишь кончик хоботка.

Зависимость от воздуха заметно ограничивает возможности водной жизни пресмыкающихся, и поэтому некоторые из них все–таки смогли приспособиться получать хотя бы немного необходимого им кислорода из воды, как рыбы. У разных видов трехкоготных черепах слизистая оболочка глотки покрыта тонкими сосочками, насыщенными тончайшими кровеносными капиллярами. Через этот участок поверхности происходит поглощение растворенного в воде кислорода. По–видимому, благодаря такому приспособлению, эти черепахи могут часами находиться под водой. У некоторых видов подобный газообмен осуществляется и через слизистую поверхность клоаки.